高通量微生物反应器主要适用于：

1. 菌种和细胞株的大规模筛选；

2. 培养条件的优化研究；

3. 发现次生代谢产物或新酶活性；

4. 高通量筛选研究、突变株分布研究及构建大肠杆菌库或酵母菌库；

5. 代谢流研究和高活性突变株的高通量筛选；

6. 临床菌株的对比研究和分离筛选；

7. 细胞系或高产株的生长培养基优化；

   此外，它在生物制药、生命科学等领域也有广泛应用，能够提供可靠数据支持，加速实验进程。