毕赤酵母发酵工艺的难点主要包括以下几个方面：

发酵周期较长：毕赤酵母的发酵过程需要经历多个阶段，包括细胞生长、外源基因诱导表达等，整体周期相对较长，这增加了工艺控制的复杂性和时间成本。

发酵条件优化：毕赤酵母的发酵效果受多种条件影响，如培养基组成、温度、pH值、溶氧量等。这些条件的优化需要精细调控，以确保酵母细胞的良好生长和外源蛋白的高效表达。

产物降解与纯化：在发酵过程中，外源蛋白可能会受到蛋白酶的降解作用，导致产物损失。此外，产物的纯化也是一大挑战，特别是当产物与细胞成分紧密结合或表达量较低时，纯化过程更为复杂。

污染控制：发酵过程中容易受到杂菌的污染，影响发酵效果和产物的质量。因此，需要采取有效的污染控制措施，如无菌操作、环境消毒等。

甲醇利用与安全性：毕赤酵母常用甲醇作为诱导剂，但甲醇易燃易爆且有毒性，需要在生产过程中严格控制其浓度和使用条件，以确保生产安全。

菌株与载体选择：毕赤酵母的菌株和表达载体种类繁多，不同菌株和载体的选择会直接影响外源蛋白的表达效率和稳定性。因此，需要根据具体目标蛋白的特性选择合适的菌株和载体。

大规模发酵技术：从实验室规模到工业化生产，毕赤酵母发酵工艺需要解决放大效应带来的问题，如溶氧传递、温度分布不均等。此外，还需要优化发酵设备、提高自动化水平等以适应大规模生产的需求。

综上所述，毕赤酵母发酵工艺的难点涉及多个方面，需要综合考虑并采取有效的措施加以解决。